Ueckermünde entstand am Westufer der Uecker und wurde 1168 erstmals urkundlich erwähnt. Den deutschen Namen Ucramund erhielt der Ort aber erst 1223. Schon damals gab es hier mehr als eine Kirche, weil dort wahrscheinlich eine slawische und eine deutsche Gemeinde nebeneinander bestanden. 1270 verlieh Herzog Barnim I. den sich schon 10 Jahre vorher hier angesiedelten Augustinerchorherren das Patronat der Paffkirche St. Nikolai. Im späten Mittelalter verschwand St. Nikolai, und St. Marien wurde die neue Pfarrkirche. Neben der Stadt bestand die Burg Ueckermünde weiter fort. Sie war ein beliebter Aufenthaltsort der Herzöge Bogislaw IV., Otto I. und Barnim III., die dort häufig urkundeten. 1295 kam es zur pommerschen Landesteilung, und Stadt und Schloß gehörten nunmehr zur Stettiner Linie. 1473 brannte Ueckermünde vollständig nieder.

Das lübische Stadtrecht erhielt Ueckermünde 1524. Ein Jahrhundert später, während des 30jährigen Krieges, wurde die Stadt mehrfach geplündert und schließlich von den Schweden besetzt. In der Folgezeit herrschten Pest und Hungersnöte, die auch noch einmal während des Nordischen Krieges die Einwohner Ueckermündes heimsuchten. Für kurze Zeit beherbergte das Schloß auch einen "prominenten" Gast: Zar Peter der Große nahm dort mit seinem Hofstaat Wohnung. 1720 bestimmten die Vereinbarungen im Frieden von Stockholm, daß Ueckermünde nunmehr zu Preußen gehören sollte, nachdem es schon 5 Jahre unter preußischer Verwaltung stand. König Wilhelm I. wandte der Neuerwerbung seine besondere Fürsorge zu, indem er die Kolonie Happenwalde anlegte und die Marienkirche nach deren Abriß neu errichten ließ. 1766 wurde diese eingeweiht.